กรมกำลังพลทหารเรือ แต่เดิมมิได้มีฐานะเป็นหน่วยงานระดับกรม แต่เป็นหน่วยงานระดับแผนกในกรมเสนาธิการทหารเรือ ซึ่งขึ้นตรงต่อกระทรวงทหารเรือ โดยจัดตั้งขึ้นเมื่อ 1 เมษายน พ.ศ.2456 มีที่ทำการอยู่ในพระราชนิเวศน์ (ปัจจุบันเป็นที่ตั้งของกองเรือลำน้ำ กองเรือยุทธการ) กรมเสนาธิการทหารเรือ ในขณะนั้นมีรูปแบบการจัดส่วนงานแบ่งเป็น 4 แผนก ได้แก่ แผนก 1 (กำลังพล) แผนก 2 (การข่าว) แผนก 3 (ยุทธการ) และแผนก 4 (แนวหลัง)                                     แม้ในระยะเวลาต่อจากนั้นมา การจัดส่วนราชการในกรมเสนาธิการทหารเรือ กระทรวงทหารเรือ จะได้เปลี่ยนแปลงไปบ้างก็ตาม แต่ยังคงมีแผนก 1 (กำลังพล) ขึ้นตรงต่อกรมเสนาธิการทหารเรือเรื่อยมา จนในปี พ.ศ.2464 ได้มีการเปลี่ยนแปลงการจัดส่วนราชการในกรมเสนาธิการทหารเรือขึ้นใหม่ โดยได้สถาปนากองยุทธศาสตร์ ซึ่งเดิมเป็นแผนก 5 ขึ้นเป็นกรมยุทธศาสตร์ทหารเรือ และให้แผนกที่ 1 ขึ้นตรงต่อกรมยุทธศาสตร์ทหารเรือ รูปการจัดในปี พ.ศ.2464 เป็นดังนี้                                                                                                               

         ในปี พ.ศ.2465 พ.ศ.2467 พ.ศ.2468 และ พ.ศ.2469 ได้มีการแก้ไขการจัดส่วนราชการในกรมเสนาธิการทหารเรือเรื่อยมาจนถึงวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ.2474 ได้ยุบกระทรวงทหารเรือเป็น "กรมทหารเรือ" ไปขึ้นการบังคับบัญชากับกระทรวงกลาโหม แต่แผนก 1 ก็ยังคงเป็นหน่วยขึ้นตรง กรมยุทธศาสตร์ทหารเรือตามเดิม และเมื่อได้มีการเปลี่ยนแปลงการปกครองมาเป็นระบอบประชาธิปไตยในวันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ.2475 การจัดส่วนราชการในกรมทหารเรือ ได้เปลี่ยนแปลงไปบ้างโดยได้ยุบกรมยุทธศาสตร์ทหารเรือ และได้ย้ายแผนก 1 มาเป็นหน่วยขึ้นตรงกรมเสนาธิการทหารเรือ จากนั้นได้มีการเปลี่ยนชื่อจาก "กรมทหารเรือ" เป็น "กองทัพเรือ" เมื่อวันที่ 30 พฤศจิการยน พ.ศ.2476

          ช่วงประมาณปี พ.ศ.2487 กรมเสนาธิการทหารเรือ ได้ย้ายที่ตั้งจากพระราชนิเวศน์มายังสถานที่ทำงานแห่งใหม่ในพระราชวังเดิม (ที่ทำการของกรมสื่อสารทหารเรือในปัจจุบัน) จวบจนปี พ.ศ.2496 ได้มีพระราชกฤษฏีกาจัดวางระเบียบราชการในกองทัพเรือขึ้นใหม่ โดยแบ่งหน้าที่ราชการในกองทัพเรือ ออกเป็น 5 ส่วน คือ ส่วนอำนวยการ ส่วนกำลังรบ ส่วนบริการ ส่วนการศึกษา และส่วนกิจการพิเศษ กรมเสนาธิการทหารเรือ เป็นส่วนอำนวยการ มีหน่วยขึ้นตรงอยู่ 4 กรม คือ กรมกำลังพลทหารเรือ กรมธุรการ กรมยุทธการ และกรมส่งกำลังบำรุง ในขณะนั้น กรมกำลังพลทหารเรือ มีหน่วยขึ้นตรง 3 กอง คือ กองการกำลังพล กองเสมียนตรา และกองทะเบียนพล ต่อมาในปี พ.ศ.2498 ได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดระเบียบราชการกองทัพเรือขึ้นใหม่ ให้มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม พ.ศ.2498 เป็นผลให้กรมเสนาธิการทหารเรือ ได้ถูกยุบเลิกไป กรมกำลังพลทหารเรือจึงเป็นกรมหนึ่งในส่วนบัญชาการ ขึ้นตรงต่อกองทัพเรือ

          เมื่อวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ.2500 กรมกำลังพลทหารเรือ ได้ย้ายที่ตั้งอีกครั้งหนึ่ง โดยได้ย้ายที่ทำการไปอยู่ที่อาคารกรมยุทธศึกษาทหารเรือเดิมชั้นล่าง (อาคารกรมสารบรรณทหารเรือในปัจจุบัน) และได้ย้ายที่ทำการอีกครั้งไปอยู่ที่อาคารส่วนบัญชาการ 1 ในบริเวณพระราชวังเดิมชั้นนอก เมื่อเดือนมีนาคม พ.ศ.2502

          จากการที่อาคารส่วนใหญ่ที่เป็นที่ตั้งของหน่วยงานต่าง ๆ ในบริเวณพระราชวังเดิม มีอายุกว่า 60 ปี และพื้นที่ค่อนข้างแออัด กองทัพเรือจึงได้อนุมัติให้สร้างอาคารกองบัญชาการกองทัพเรือ พื้นที่วังนันทอุทยาน โดย พลเรือเอก กำธร พุ่มหิรัญ ผู้บัญชาการทหารเรือ ในขณะนั้น ได้เป็นประธานวางศิลาฤกษ์ เมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ.2552 เวลา 1009 ตัวอาคารสามารถเปิดใช้ราชการได้ในวันที่ 8 มกราคม พ.ศ.2556 ทั้งนี้กรมกำลังพลทหารเรือได้ย้ายเข้ามาปฏิบัติราชการในอาคารแห่งนี้ เมื่อวันที่ 10 มาราคม พ.ศ.2556 โดยได้ประกอบพิธีอัญเชิญพระพุทธรูปประจำหน่วยงาน ธงชาติ และพระบรมฉายาลักษณ์จากที่ทำการเดิม (อาคารส่วนบัญชาการ 1 พื้นที่พระราชวังเดิม) ไปยังอาคารกองบัญชาการกองทัพเรือ พื้นที่วังนันทอุทยาน ชั้น 1 ซึ่งเป็นที่ทำการแห่งใหม่ในเวลา 0700 - 0830